Bị truy tố cùng tội danh còn có 11 bị can đồng phạm gồm: Nguyễn Văn Phụng, nguyên Phó Trưởng phòng Kế hoạch - Tài chính; Lê Văn Cương, nguyên Trưởng phòng Kế hoạch - Tài chính; Trịnh Hữu Nghĩa, nguyên Trưởng phòng Kế hoạch - Tài chính; Bùi Trí Thức, nguyên Chuyên viên Phòng Kế hoạch tài chính, Sở Giáo dục và Đào tạo; Lê Thế Sơn, Giám đốc Công ty Sách Thanh Hóa; Đặng Xuân Minh, Chủ tịch, Tổng Giám đốc Công ty Thẩm định giá BTC VALUE; Nguyễn Quốc Việt, Thẩm định viên Công ty BTC VALUE; Hồ Thị Sáu, Giám đốc Khối thẩm định III Công ty BTC VALUE; Nguyễn Duy Linh, Giám đốc Công ty Nam Anh; Bùi Việt Long, nguyên Phó Trưởng phòng kinh doanh Công ty Hoàng Đạo; Vũ Thị Ninh, Kế toán trưởng Công ty Sách Thanh Hóa.
Theo cáo trạng, năm 2020, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Thanh Hóa triển khai 2 gói thầu mua đồ dùng dạy học lớp 1 thực hiện chương trình sách giáo khoa mới từ năm 2020-2021 cho các trường trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa, tổng giá trị hơn 119 tỉ đồng.
Do muốn trúng thầu, Lê Thế Sơn, Giám đốc Công ty Sách Thanh Hóa đến gặp Phạm Thị Hằng xin tham gia, tạo điều kiện để trúng 2 gói thầu trên. Phạm Thị Hằng sau đó đã chỉ đạo Lê Văn Cương, Trưởng phòng Kế hoạch - Tài chính; Nguyễn Văn Phụng, Phòng Kế hoạch, tài chính, tạo điều kiện cho Công ty sách Thanh Hóa của Sơn tham gia, trúng thầu.
Quá trình thực hiện gói thầu mua đồ dùng dạy học lớp 1 và thực hiện chương trình sách giáo khoa mới từ năm 2020 - 2021 cho 169 trường ở vùng đặc biệt khó khăn và vận chuyển lắp đặt thiết bị (Gói thầu số 1), bị can Cương, Phụng đã thống nhất với Sơn để liên danh Thanh Hà (Công ty Sách Thanh Hóa và Công ty Hoàng Đạo) trúng thầu gói thầu số 1.
Để hợp thức hóa hồ sơ, đủ điều kiện trúng thầu, Cương, Phụng và Sơn thống nhất lập danh mục thiết bị, giá từng loại thiết bị dạy học lớp 1. Sau đó, Sơn liên hệ với Bùi Việt Long, Phó Trưởng phòng kinh doanh Công ty Hoàng Đạo lấy thông số kỹ thuật, cấu hình, giá máy chiếu… sau đó, tự thống nhất giá để Phạm Thị Hằng ký tờ trình xin UBND tỉnh Thanh Hóa phê duyệt chủ trương thực hiện gói thầu.
Khi được UBND tỉnh Thanh Hóa đồng ý chủ trương, Phạm Thị Hằng ký hợp đồng thuê Công ty thẩm định giá BTC VALUE, thẩm định giá thiết bị gói thầu số 1 do Hồ Thị Sáu đại diện. Sau đó, Sáu đã sử dụng danh mục, giá thiết bị đã được Phụng, Sơn thống nhất từ trước rồi sửa dự thảo chứng thư thẩm định giá theo yêu cầu của Sơn và Phụng. Từ danh mục đã được các bị can trên thống nhất, UBND tỉnh Thanh Hóa đã phê duyệt danh mục, dự toán mua đồ dùng dạy học gói thầu số 1 với tổng dự toán kinh phí trên 33,6 tỉ đồng.
Tiếp đến, bị can Hằng chỉ định Công ty Nam Anh lập hồ sơ mời thầu và đánh giá hồ sơ dự thầu gói thầu số 1 mà không thẩm định hồ sơ năng lực của công ty này theo đúng quy định. Bbản thân Nguyễn Duy Linh là giám đốc công ty không có chứng chỉ hành nghề hoạt động đấu thầu theo quy định nhưng Linh đã giả mạo hồ sơ, đưa bằng cấp người khác vào cho đủ điều kiện.
Sau đó, Linh đã soạn thảo biên bản thương thảo hợp đồng, hợp đồng tư vấn, quyết định chỉ định thầu gửi cho Bùi Trí Thức, chuyên viên Phòng Kế hoạch, tài chính (Sở Giáo dục và Đào tạo Thanh Hóa) để Thức "hợp thức hóa" trình bị can Hằng ký phê duyệt để lập hồ sơ mời thầu. Toàn bộ công việc lập hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu gói thầu số 1 đều do Nguyễn Duy Linh thực hiện theo yêu cầu, thống nhất của Phụng, Cương và Sơn.
Tương tự các "chiêu trò" trên, tại gói thầu mua đồ dùng dạy học lớp 1 thực hiện chương trình sách giáo khoa mới từ năm 2020 - 2021 và vận chuyển lắp đặt thiết bị cho 512 trường (gói thầu số 2), các bị can trên cùng Trịnh Hữu Nghĩa, Phó Trưởng phòng Kế hoạch, tài chính (thay cho Lê Văn Cương đã nghỉ hưu), Vũ Thị Ninh, Đặng Xuân Minh, Nguyễn Quốc Việt đã thỏa thuận, thông đồng, lập khống hồ sơ, giấy tờ để hợp thức hóa, trình các cơ quan liên quan thông qua.
Tuy nhiên, do gói thầu số 2 có giá trị lớn (gần 87 tỉ đồng), Công ty Sách Thanh Hóa không đủ năng lực để tham gia, Sơn đã chủ động liên hệ với Công ty Hoàng Đạo, Công ty Khang An, Công ty Nam Hoa và Công ty Long Thành đề nghị cùng tham gia liên danh đấu thầu với tên gọi Liên danh Thanh Hà - Thanh Hóa.
Do đã thông đồng, sắp xếp từ trước nên Liên danh Thanh Hà (Công ty Sách Thanh Hóa, Công ty Hoàng Đạo) và Liên danh Thanh Hà - Thanh Hóa (tất cả đều do Sơn điều hành) đã tham gia đấu thầu và dễ dàng trúng 2 gói thầu trên có tổng giá trị 119, 6 tỉ đồng (gói số 1 trị giá 32,6 tỉ đồng; gói số 2 gần 87 tỉ đồng).
Kết luận giám định tài sản cho thấy, tại gói thầu số 1 giá trị thực tế là 24,9 tỉ đồng, nhưng đã bị nâng khống lên 32,6 tỉ đồng (chênh lệch 7,6 tỉ đồng). Tại gói thầu số 2, giá trị thẩm định thực tế là 73,7 tỉ đồng, trong khi gói thầu thực hiện gần 87 tỉ đồng (nâng khống 13,2 tỉ đồng). Tổng giá trị 2 gói thầu bị nâng khống, gây thất thoát ngân sách nhà nước là trên 20,8 tỉ đồng.
Cũng theo nội dung cáo trạng, bị can Phạm Thị Hằng có hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn, can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu, chỉ đạo cấp dưới tạo điều kiện cho Công ty sách Thanh Hóa tham gia và trúng thầu. Phạm Thị Hằng ký các văn bản đề xuất của cấp dưới, biết rõ nội dung kết quả lựa chọn nhà thầu không công bằng, khách quan. Phạm Thị Hằng được hưởng lợi trái pháp luật 3 tỉ đồng. Nhiều bị can trong vụ án hưởng lợi hàng tỉ đồng.