Theo đó, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú, Lệnh khám xét chỗ ở, nơi làm việc về tội “Giả mạo trong công tác” quy định tại Điều 359 Bộ luật Hình sự năm 2015 đối với hai bị can: Nguyễn Thị Huệ (sinh năm 1986, nguyên Trưởng phòng Tài chính kế toán, Trường Đại học Đông Đô, trú tại: Khu đô thị Linh Đàm, phường Hoàng Liệt, quận Hoàng Mai, thành phố Hà Nội); Ngô Quang Hiển (sinh năm 1978, nhân viên Trường Đại học Đông Đô, trú tại: tổ 25, phường Thượng Thanh, quận Long Biên, thành phố Hà Nội).
Ngày 3/6/2020, sau khi có Quyết định phê chuẩn của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã thực hiện Lệnh bắt bị can để tạm giam, khám xét chỗ ở, nơi làm việc đối với Nguyễn Thị Huệ; thực hiện Lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú, khám xét chỗ ở, nơi làm việc đối với Ngô Quang Hiển.
Vụ án đang được Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an tiếp tục điều tra, làm rõ theo quy định của pháp luật.
Trước đó, trong quá trình điều tra mở rộng vụ án "Giả mạo trong công tác" tại Trường Đại học Đông Đô, ngày 13/1/2020, Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) ra quyết định khởi tố bị can, lệnh khám xét đối với Lê Thị Thanh Tâm và Nguyễn Thị Ngọc Thái, cùng là cán bộ Trường Đại học Đông Đô, về tội danh "Giả mạo trong công tác," quy định tại điều 359 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Cuối tháng 7/2019, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an ra quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam, lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú, lệnh khám xét chỗ ở, nơi làm việc về tội "Giả mạo trong công tác," quy định tại Điều 359 - Bộ luật Hình sự năm 2015 đối với 4 bị can, gồm: Dương Văn Hòa (Hiệu trưởng Trường Đại học Đông Đô); Trần Ngọc Quang (Phó Trưởng Phòng Đào tạo và quản lý sinh viên Trường Đại học Đông Đô); Phạm Vân Thùy (cán bộ Trường Đại học Đông Đô) và Lê Thị Lương (cán bộ Trường Đại học Đông Đô).
Vụ án này còn có bị can Trần Khắc Hùng (Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Viện trưởng Viện Đào tạo liên tục Trường Đại học Đông Đô), tuy nhiên, vào thời điểm khởi tố, bị can Hùng bỏ trốn, hiện đang bị truy nã.
Các bị can trong vụ án này bị khởi tố để điều tra về việc tổ chức tuyển sinh, đào tạo bằng đại học thứ hai hệ chính quy ngành ngôn ngữ Anh khi chưa được phép. Cụ thể, lợi dụng nhu cầu học của một bộ phận người dân cần có văn bằng, chứng chỉ phục vụ cho kỳ thi tuyển, thi nâng ngạch viên chức, công chức… các bị can đã cấu kết với nhau tổ chức tuyển sinh, đào tạo và cấp bằng đại học thứ hai hệ chính quy ngành ngôn ngữ Anh cho các học viên và liên kết với các trung tâm bên ngoài để tuyển sinh.